此次资源税改革没有将煤炭纳入改革范围，根本原因是政府希望避免改革对经济造成比较大的影响。煤炭在我国一次能源消费中占到了70%，并提供了80%的电力。近几年随着煤炭需求的大幅度增长，煤炭市场基本上是卖方市场，资源税改革导致的新增成本可能会较快地转嫁给终端消费者，从而推高整体能源成本。
然而，虽然从价煤炭资源税的确对经济有一定的负面影响，但如果权衡其对资源和环境以及产业结构调整的积极影响，政府需要在下一步资源税改革中将煤炭改为从价计征。
政府对资源税改革将推高我国整体能源成本的担忧是可以理解的。由于资源市场卖方主导，因此无论转嫁的速度和幅度如何，资源税最终都将由消费者埋单。但是，资源税将提高产业链的开采成本和生产成本，提高资源开采和利用效率，较高的资源性产品和替代产品的价格可以抑制需求和鼓励节能。并且，由于资源的不可再生性，提高资源开采利用效率，有利于减少资源的稀缺性带来的价格压力，从而减少资源产品涨价压力。因此，如果资源税可以有效提高资源开采利用效率，长期而言，对能源成本不一定是负面压力。
随着煤炭行业整合，我国煤炭资源基本由大型国有企业垄断经营，征收从价煤炭资源税也有利于减少垄断租金，以及由于资源垄断获得的超额利润。煤炭从价资源税能够改变过去从量资源税对煤炭价格不敏感的现象，增加税赋弹性，促进煤炭企业有效开采利用资源，因此可以有效地将煤炭企业的短期生产目标与资源有效利用的长期目标联系起来。
进一步说，如果地方政府认为资源税对某些群体和某些方面有过度的负面影响，可以用煤炭资源税收进行有针对性的补贴，包括环境治理和资源省份的经济转型。因此，通过资源税提高煤炭开采率、优化煤炭资源和资源收入在代际之间的配置，具有可持续发展的意义。
除了从价计征，资源税税率应是改革的一个重点。过低的税率对提高煤炭资源开采利用效率起不到作用，但鉴于我国煤炭在经济发展中的重要地位，比较高的税率仍需要考虑宏观经济对煤炭资源税的反应。所以，资源税改革需要兼顾税率的有效性和经济对能源成本的敏感性。比较保守的选择是，开始时仿照油气资源税税率，将煤炭资源税率设在5%，以后逐步提高，这对宏观经济的影响应该是可以承受的。
国际经验也表明，征收从价资源税的确可以提高资源开采利用效率，具有显著的环境效益。资源较稀缺的日本和欧洲的能源税赋较重，而资源比较丰富的美国、加拿大、澳大利亚等国家则相对较轻。能源重税政策并未削弱日本及欧洲各国的生产竞争力，并增加社会问题。相反，这些国家的能源利用效率要远远高于美国。
显然，任何税收都不会是中性的，资源税改革必然伴随着利益的再分配，导致利益博弈。由于资源税是地方税，资源税改革可能导致中央对地方的让利，导致省际之间（资源输出省和资源净购入省）、企省之间（尤其是中央能源企业和地方政府）的博弈。在我国特定的情况下，这些博弈短期内会带来分配问题，甚至由于扭曲而带来成本。但长期而言，资源税会提高资源成本，从而促进资源的有效开发利用，这是确定的，这就是为什么需要进行资源税改革。
可以预见，我国未来的资源税改革将会集中在两个方面。第一是将煤炭及其他资源产品（如稀土）纳入从价计征，另一个则是进一步提高资源税率。政府采取渐进地提高资源税率，主要是为了兼顾社会承受能力和效率。当然，提高能源效率和减轻社会负担常常是两难的政策选择，要求政府在效率与公平、短期影响与可持续发展之间进行平衡。资源税改革只要目的明确，设计合理，许多问题和可能的缺陷可以在推出后的实践中逐步解决并完善。
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