因为各种各样的困难和问题，我国煤层气开发远远没能达到预期的开发进度。“煤炭资源属地方国企，煤层气资源归央企”——央企和地方政府在煤层气开发主导权上一直存在矛盾。现在看来，中央与地方利益的平衡，仍将成为“十二五”期间煤层气待解决的主要问题之一。
煤层气国家一级发证和煤炭国家与省级两级发证导致的两权重叠问题，表面上看是不同的两个矿权人区块重叠导致的矛盾，其背后却是央企利益和地方利益之争。这场争夺并未因晋煤获得煤层气采矿权而有所缓解。
记者获悉，此前山西省煤层气行业协会曾有想法，建议政府对全省煤层气区块开发进度统一控制，制订“日程表”。而山西省日前更上报国务院，建议对境内的煤层气区块重新分配，希望煤层气由国家一级发证改为国家和地方两级发证。这无疑比为央企制定“日程表”更加激进，因为央企在山西所属的部分区块可能被回收。
地方煤炭企业对开发效益远远不如煤炭的煤层气不惜下血本，地方政府在这方面也咄咄逼人，归根到底还是“利益”问题。
一方面，地方政府和煤企看中的未必只是薄利的煤层气，可能更是煤炭资源。因为先采气后采煤，煤炭开发受制于其他公司煤层气开发的进展，无论如何都不是一件痛快事。
更重要的是，中国的资源价格步入上行通道，特别是天然气价格改革的推进，也给了煤层气开发良好的预期。煤层气价格虽然市场化，但因为与天然气的替代关系，其定价通常比照天然气价格，因而从地方政府角度看，尽量掌握地方能源开发主动权对地方经济发展有利无弊。
资源出自地方，地方企业若不参与建设或利用，就无法给地方贡献税收。尤其在近两年的资源开发中，随着价格上涨，企业获得暴利，而地方政府很难从央企分得利益，相应的税费政策也没有跟上，使得地方政府在支持央企开发当地资源上动力不足。
而从中联煤等央企角度看，煤层气开发长期效益偏低，也导致在相当长时期内开采积极性和投资不足，一定程度上也对地方的煤炭开发造成影响。相比之下，晋煤的煤层气开发利用成效斐然，对央企低效的诟病更不绝于耳。
“央企吃肉，地方连汤也喝不上。”有媒体如此评价当前资源开发中的央地矛盾。资源地只能不断地与央企争夺资源开发权、控制权和主导权，才能尽量地分享资源开发带来的红利。而一些资源枯竭城市转型发展之艰难，也在不断提示着后来者当以此为鉴。
央企进行资源开发固然与国家战略有关，但要解决资源开发中的央地矛盾，就要求国家在统一能源发展战略的同时，还必须考虑资源地的发展，制定合理的补偿机制和税收机制。资源税改革的推进，可能是改善中央与地方利益关系的一个契机。
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